En 1942, restos del Fuerte y la Aduana Nueva son descubiertos fortuitamente por personal de Obras Sanitarias de la Nación en la intersección de las calles Paseo Colón e Hipólito Yrigoyen. La Comisión Nacional de Museos, de Monumentos y de Lugares Históricos, al comprobar el valor del hallazgo, acuerda su conservación. En 1963, las galerías de la Aduana se habilitan hasta la calle Rivadavia. En la década de 1970, se descubren una tronera clásica y restos del paredón frontal del Fuerte, poniendo en evidencia que la Aduana se habría construido contra dicha muralla. En 1982, el rescate del Patio de Maniobras permite la ampliación del sitio.